Você mudou o estado (congelou, mudou a cor, etc) de alguns layers em um arquivo com referencia externa, no AutoCAD, salvou o arquivo e ao abrir novamente... tá lá! Tudo como era antes. Parece que nada foi feito. Se isso já aconteceu ou está acontecendo, tente ajustar a variável do AutoCAD chamada VISRETAIN.
Esta variável controla o comportamento dos estados de layers das referências externas.
VISRETAIN = 0 : serão mantidos os estados do desenho original, ou seja, da X-ref.
VISRETAIN = 1 : serão mantidos os estados dos layers configurados no desenho em você está trabalhando (desejável).
Assim um usuário pode trabalhar em um arquivo com os layers com certos estados, cores e etc, enquanto um outro pode trabalhar num segundo arquivo, tendo o primeiro referenciado como base, porém, com cores e estados diferentes.
Algumas vezes parece que esta variável muda sozinha. Como já disse num post anterior, as razões para isso vão desde um código LISP que muda a variável antes de executar algo e, depois não retorna ao padrão, até mesmo algo inexplicável, uma vez que o usuário não rodou nada de diferente. De qualquer jeito, é bom saber como contornar o problema.
Não se esqueça de configurar esta variável em seus templates.
Bom trabalho!